Human GVC

Automated Web-Based Variant Calling Platform

Variant calling dari FASTQ hingga VCF, langsung dari browser.

Human GVC menyatukan seluruh tahap analisis variant calling germline dalam satu alur kerja. Unggah data, atur parameter, pantau proses, lalu lihat hasilnya tanpa mengetik perintah command line.

MasukBuat akun

Apa itu Human GVC?

Human GVC (Human Germline Variant Calling) adalah platform web untuk menjalankan pipeline variant calling germline. Pengguna cukup mengunggah data sekuensing berformat FASTQ atau FASTQ.GZ, baik single-end maupun paired-end, lalu menjalankan analisis dan mengunduh hasil dalam format VCF.

Tidak terbatas pada manusia

Platform ini dirancang untuk data whole exome sequencing (WES) manusia, tetapi alurnya dapat dipakai untuk organisme lain, misalnya bakteri atau organisme model berukuran genom kecil, selama tersedia data sekuensing dan genom referensi organisme tersebut.

Alur pipeline

  1. 1Quality Control

    Menilai kualitas read hasil sekuensing.

  2. 2Preprocessing

    Membersihkan read dari adaptor dan basa berkualitas rendah.

  3. 3Alignment

    Memetakan read ke genom referensi.

  4. 4Variant Calling

    Mendeteksi SNP dan indel dari hasil pemetaan.

  5. 5Filtering

    Menyaring varian agar hasil akhir lebih andal.

Keunggulan

Terintegrasi

Data, parameter, status proses, dan hasil akhir terkelola dalam satu sistem.

Mudah digunakan

Tidak perlu memasang tools atau memahami command line.

Terpantau

Progres dan log setiap tahap dapat dilihat, hasil dibuka lewat result viewer.